Il differenza principale tra agarosio e poliacrilammide è che l'agarosio viene utilizzato nell'elettroforesi su gel di agarosio (AGE) principalmente per la separazione del DNA, mentre la poliacrilammide viene utilizzata nell'elettroforesi su gel di poliacrilammide (PAGE) principalmente per la separazione delle proteine. Inoltre, l'agarosio può separare frammenti di DNA di dimensioni 50-20.000 bp mentre la poliacrilammide ha un potere risolutivo maggiore, separando frammenti di DNA fino a 5-500 bp. Inoltre, i gel di agarosio giacciono piatti sul tavolo con una corsa orizzontale mentre i gel di poliacrilammide stanno sul tavolo con una corsa verticale.

Agarosio e poliacrilammide sono i due principali tipi di gel utilizzati per separare le macromolecole, tra cui DNA, RNA e proteine ​​in base alla loro dimensione e carica.

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Cos'è l'agarosio?

L'agarosio è il polimero polisaccaridico naturale utilizzato nell'elettroforesi su gel di agarosio (AGE). Tuttavia, è una miscela complessa di molecole e il componente principale dell'agarosio è l'agar. È importante sottolineare che in un gel di agarosio è possibile separare grandi frammenti di DNA in base alla loro dimensione. Di solito, il DNA è una molecola carica negativamente, che corre verso l'elettrodo positivo sotto un campo elettrico. Inoltre, i pori all'interno del gel di agarosio sono responsabili della separazione del DNA per dimensione.

Figura 1: Elettroforesi su gel di agarosio

Inoltre, il gel di agarosio è una matrice 3D costituita da molecole di agarosio elicoidali, che si aggregano in canali e pori. Tuttavia, la sua dimensione dei pori non è uniforme. Pertanto, i risultati sono difficili da riprodurre. D'altra parte, è facile da maneggiare e lanciare. Inoltre, l'agarosio si stabilizza quando il gel si raffredda.

Cos'è il poliacrilammide

Il poliacrilammide è la sostanza che viene utilizzata nella preparazione dell'elettroforesi su gel di poliacrilammide (PAGINA). Fondamentalmente, è un prodotto della reticolazione di due molecole; acrilammide e bis-acrilammide. Inoltre, l'acrilammide è un prodotto dell'idratazione dell'acrilonitrile da parte dell'enzima nitrile idratasi. Oltre a questi, è sotto forma di polvere, che è tossica per il sistema nervoso umano. Con l'aggiunta di acqua, l'acrilammide subisce la polimerizzazione in poliacrilammide.

Figura 2: PAGINA

Somiglianze tra agarosio e poliacrilammide

Differenza tra agarosio e poliacrilammide

Definizione

L'agarosio è il principale costituente dell'agar utilizzato, soprattutto nei gel per elettroforesi. Il poliacrilammide è una resina sintetica ottenuta dalla polimerizzazione dell'acrilammide. È un polimero idrosolubile utilizzato per formare un gel stabilizzato.

Fabbricazione

L'agarosio è un polisaccaride complesso derivato dalle alghe mentre l'acrilammide è prodotta dalla digestione dell'acrilonitrile da parte della nitrile idratasi.

Composizione

L'agarosio è costituito da molte molecole, mentre il poliacrilammide contiene una grande molecola.

gel

I gel di agarosio contengono lunghe catene di zuccheri interconnessi per formare un reticolo, mentre i gel di poliacrilammide compongono la reticolazione chimica di acrilammide e bis-acrilammide, producendo un setaccio molecolare.

Collocamento

L'agarosio si fissa mentre si raffredda mentre il poliacrilammide si fissa attraverso una reazione chimica una volta che si verifica la reticolazione.

Esegui configurazione

L'agarosio è un gel orizzontale mentre il poliacrilammide è un gel verticale.

Proprietà

La dimensione dei pori del gel di agarosio diventa più piccola con l'aumentare della concentrazione di agarosio nel gel. Ma il rapporto tra acrilammide e bis-acrilammide determina la dimensione dei pori del gel di poliacrilammide.

Concentrazioni tipiche del Gel

Le concentrazioni tipiche di gel di agarosio sono intorno allo 0,5-2%, mentre le concentrazioni tipiche di gel di poliacrilammide sono intorno al 6-15%.

Separazione di biomolecole

I gel di agarosio sono principalmente importanti nella separazione di frammenti di DNA molto più grandi come i prodotti della PCR mentre i gel di poliacrilammide sono importanti per la separazione di proteine ​​e piccoli acidi nucleici come oligonucleotidi, miRNA, tRNA, ecc.

Separazione del DNA

L'agarosio può separare il DNA di circa 50-20.000 bp di dimensioni mentre la poliacrilammide può separare il DNA di circa 5-500 bp di dimensioni.

Potere risolutivo

I gel di agarosio hanno un potere di risoluzione relativamente basso mentre i gel di poliacrilammide hanno un alto potere di risoluzione.

Configurazione del DNA

I gel di agarosio tipicamente separano il DNA nella forma a doppio filamento mentre i gel di poliacrilammide separano il DNA nella forma a filamento singolo.

Professionisti

I gel di agarosio sono atossici e facili da maneggiare mentre i gel di poliacrilammide danno risultati riproducibili.

Contro

I gel di agarosio non hanno una dimensione dei pori uniforme mentre i gel di poliacrilammide contengono una potente neurotossina.

Conclusione

L'agarosio è il polisaccaride delle alghe importante nella produzione di gel principalmente per separare grandi frammenti di DNA. Inoltre, è un gel orizzontale con potere di risoluzione relativamente basso. D'altra parte, la poliacrilammide è un altro tipo di gel che viene utilizzato principalmente nella separazione delle proteine. Inoltre, è importante nella separazione di piccoli acidi nucleici grazie al suo alto potere risolvente. Inoltre, è costituito dalla reticolazione di acrilammide e bis-acrilammide attraverso una reazione chimica. D'altra parte, la poliacrilammide è un gel verticale. Pertanto, la principale differenza tra agarosio e poliacrilammide è la composizione, l'impostazione e il potere risolutivo.

Riferimenti:

1. Clore, Adamo. "Gel di agarosio e poliacrilammide in esecuzione". INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES, Integrated DNA Technologies, Inc., 20 settembre 2017. Disponibile qui.

Cortesia dell'immagine:

1. "Elettroforesi - Muoversi lungo il gel" Di Michael - Muoversi (CC BY 2.0) via Commons Wikimedia 2. "Gelelektrophoreseapparatur" (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia