Differenza principale - VNTR vs STR

Il DNA ripetitivo è i modelli di acidi nucleici che si verificano in più copie in tutto il genoma. Costituiscono la maggior parte del DNA nucleare negli eucarioti. Le ripetizioni in tandem sono uno dei principali tipi di DNA ripetitivo che copiano unità di sequenza ripetitive che si trovano adiacenti l'una all'altra, formando un blocco nucleotidico. VNTR (ripetizioni in tandem a numero variabile) e STR (ripetizioni in tandem brevi) sono due tipi di ripetizioni in tandem che si trovano nel genoma eucariotico. VNTR è un tipo di DNA minisatellite mentre STR è un tipo di DNA microsatellite. Il differenza principale tra VNTR e STR è che l'unità ripetitiva di VNTR è 10-60 paia di basi mentre l'unità ripetitiva di STR è 2-6 paia di basi.

Aree chiave coperte

1. Cos'è VNTR - Definizione, caratteristiche, importanza 2. Cos'è STR - Definizione, caratteristiche, importanza 3. Quali sono le somiglianze tra VNTR e STR – Cenni sulle caratteristiche comuni 4. Qual è la differenza tra VNTR e STR – Confronto delle differenze chiave

Termini chiave: genetica forense, microsatellite, minisatellite, unità nucleotidiche ripetute, STR, ripetizioni in tandem, VNTR

Cos'è VNTR

VNTR si riferisce a un tipo di ripetizioni in tandem in cui una breve sequenza di nucleotidi (10-60 paia di basi) viene ripetuta un numero variabile di volte in un particolare locus. Pertanto, VNTR è anche noto come minisatelliti. I VNTR sono disseminati in tutti i cromosomi del genoma eucariotico. Generalmente, il numero di unità ripetute in un VNTR varia da individuo a individuo. Quindi, anche la lunghezza dell'array formato dai VNTR varia da individuo a individuo. Poiché il numero variante dei cromosomi viene ereditato dai genitori, possono essere utilizzati nell'identificazione parentale o personale. La variazione dei VNTR in sei individui è mostrata in figura 1.

Figura 1: variazione VNTR negli individui

I VNTR sono i primi tipi di polimorfismi utilizzati nella profilazione del DNA per determinare le caratteristiche del DNA di una particolare persona. Sono anche usati come marcatori genetici in RFLP (polimorfismo della lunghezza dei frammenti di restrizione), una tecnica che utilizza la PCR, l'elettroforesi su gel e la produzione di modelli di bande mediante Southern blotting.

Cos'è STR

STR si riferisce a un tipo di ripetizioni in tandem in cui una breve sequenza di nucleotidi (2-6 paia di basi) viene ripetuta un numero variabile di volte in un particolare locus. Gli STR sono un tipo di microsatelliti e sono anche conosciuti come ripetizioni a sequenza corta (SSR) nella genetica delle piante. Le unità ripetitive composte da un singolo nucleotide sono note come polimorfismo a singolo nucleotide (SNP). Gli STR sono il tipo più comune di polimorfismi genetici analizzati attualmente in genetica forense. Viene mostrata la profilazione del DNA con l'uso di STR come marcatori genetici figura 2.

Figura 2: Profilo del DNA

Le mutazioni in alcune delle regioni STR portano a malattie genetiche come la sindrome dell'X fragile e la malattia di Huntington.

Somiglianze tra VNTR e STR

Differenza tra VNTR e STR

Definizione

VNTR: VNTR è un tipo di ripetizione in tandem in cui una breve sequenza di nucleotidi (10-60 paia di basi) viene ripetuta un numero variabile di volte in un particolare locus.

STR: STR è un tipo di ripetizione in tandem in cui una breve sequenza di nucleotidi (2-6 paia di basi) viene ripetuta un numero variabile di volte in un particolare locus.

Numero di nucleotidi ripetuti

VNTR: VNTR consiste di 10-60 coppie di basi.

STR: STR è composto da 2-6 paia di basi.

Tipo di DNA ripetitivo

VNTR: VNTR è un tipo di DNA minisatellite.

STR: STR è un tipo di DNA microsatellite.

Numero di ripetizioni

VNTR: VNTR consiste di 10-1, 500 ripetizioni nell'array.

STR: STR consiste di 5-200 ripetizioni nell'array.

Dimensione dell'array

VNTR: VNTR forma un array di 0,5-15 kb.

STR: STR forma un array di 10-1000 bp.

Complessità dell'array

VNTR: VNTR produce array eterogenei.

STR: STR produce array omogenei.

Conclusione

VNTR e STR sono due tipi di ripetizioni in tandem che formano array di unità ripetitive adiacenti nel genoma eucariotico. VNTR consiste di unità di nucleotidi relativamente lunghe (10-60 paia di basi). STR è costituito da brevi unità ripetute di nucleotidi (2-6 bp). La principale differenza tra VNTR e STR è la lunghezza delle unità ripetitive di ciascun tipo di ripetizioni in tandem.

Riferimento:

1. "Ripetizione tandem a numero variabile". Argomenti ScienceDirect, disponibili qui. 2. "La scienza della genetica forense". CRG – Consiglio per la genetica responsabile, disponibile qui.

Cortesia dell'immagine:

1. "D1S80Demo" di PaleWhaleGail su Wikipedia in inglese (CC BY-SA 3.0) tramite Commons Wikimedia 2. "Fasi di impronte digitali genetiche" di Sneptunebear16 - Opera propria (CC BY-SA 4.0) tramite Commons Wikimedia